Phi Hổ 2 tiếp nối câu chuyện đầy kịch tính xoay quanh đội Phi Hổ – đội nhiệm vụ đặc biệt do Triển Hàn Thao lãnh đạo. Dù đã có nhiều lần đồng hành cùng các đội viên bạn gồm Du Học Lễ, Trang Trác Nguyên và Tô Văn Cường, nhưng những thử thách mới lại đổ ập đến với đội Phi Hổ. Sự xuất hiện của Tổng giám đốc cảnh sát Phan Tử Long với tác phong hoàn toàn khác người khiến đội Phi Hổ phải thích nghi và đương đầu với những đối thủ cực kỳ khó nhằn. Trong một vụ giải cứu con tin, Hàn Thao gặp được Chung Vĩ Ân – cô cảnh sát nằm vùng đầy mưu trí và lòng can đảm. Ấn tượng với Vĩ Ân, Hàn Thao giúp cô phục chức trong khoa tình báo hình sự, và từ đó, mối quan hệ giữa hai người nảy sinh tình cảm. Tuy nhiên, bí mật mà Vĩ Ân đang giấu khiến Hàn Thao cảm thấy khó chịu. Sự rơi vỡ trong một lần hành động của một đội viên Phi Hổ khiến năng lực của Hàn Thao bị nghi ngờ và nội bộ đội Phi Hổ xảy ra bất hòa. Thao quyết định xin điều chuyển để tránh cho Học Lễ và mọi người bị phân hóa. Cùng lúc đó, Vĩ Ân vì muốn truy tìm kẻ chủ mưu đã bán đứng mình, bất chấp lợi dụng tình báo khiến đội Phi Hổ lâm vào tình thế nguy hiểm. Liệu Hàn Thao và đội Phi Hổ có thể cùng nhau phá vỡ âm mưu và vượt qua thử thách sắp tới hay không là câu hỏi được nhiều người quan tâm.