Tom và Jerry: Nhiệm Vụ Điệp Viên hứa hẹn mang đến một cuộc hành trình ly kỳ và hồi hộp khi hai kẻ bất hòa nổi tiếng nhất thế giới kết hợp với một đội điệp viên trẻ tài năng. Câu chuyện bắt đầu với một ngày bình thường trên bãi biển, Tom và Jerry tiếp tục cuộc chiến kéo dài của họ, cho đến khi họ bất ngờ chạm trán Jonny Quest, Hadji và chú chó cưng Bandit. Cái kết hợp bizar nhưng đầy hứa hẹn này đã đánh dấu sự bắt đầu của một cuộc phiêu lưu phi thường. Trong khi Tom và Jerry đang bận tranh đấu với nhau, TS Zin, kẻ thù truyền kiếp của gia đình Quest, phát hiện ra rằng tiến sĩ Benton Quest đang sở hữu một thiết bị có khả năng giải quyết những vấn đề năng lượng toàn cầu. TS Zin quyết tâm chiếm đoạt công nghệ này và bắt cóc tiến sĩ Benton cùng vệ sĩ của ông. Jonny Quest và hội bạn mới lông của mình, Tom và Jerry, buộc phải vào cuộc, họ cùng chung sức để giải cứu tiến sĩ Benton và ngăn chặn âm mưu độc ác của TS Zin. Từ những pha hành động kịch tính đến những tình huống hài hước bá đạo, Tom và Jerry: Nhiệm Vụ Điệp Viên hứa hẹn mang đến một món quà giải trí tuyệt vời dành cho cả gia đình.