Nhân vật chính, Kamito, là một chàng trai lạc lõng, tìm kiếm con đường vào Học viện Alessia, một nơi huấn luyện những Tinh Linh Sứ – những người có khả năng khế ước với các tinh linh mạnh mẽ. Nhưng cuộc đời Kamito đảo lộn hoàn toàn trong một buổi sáng, khi anh vô tình chứng kiến cảnh tắm gãy gáp của một cô gái. Cái nhìn ấy đã chôn vùi Kamito trong bóng tối, tạo ra một cuộc gặp gỡ định mệnh với cô gái ấy. Sự u tối và những lời đe dọa của cô gái đã kéo Kamito vào một thế giới khủng khiếp, nơi cậu buộc phải ký kết hợp đồng với những tinh linh, biến cậu thành nô lệ để thực hiện những ham muốn tàn bạo của cô. Persona 4: The Golden Animation tiếp tục câu chuyện, mang đến cho khán giả những pha hành động phi thường, những bí mật và trò chơi quyền lực xoay quanh thế giới tinh linh. Cùng với Kamito, khám phá cuộc hành trình của một chàng trai lạc lối tìm kiếm lối thoát khỏi gọng kìm của số phận, và đấu tranh để giành lại chính mình.