Dù đã tái ngộ với hòa bình sau cuộc chiến khốc liệt với Bar Masque nhưng cuộc sống nơi thành phố Misaki vẫn mang một nỗi bối rối khó tả. Shana và Yuji, hai nhân vật chính vốn đã quen với vòng xoáy bạo lực, giờ đây phải đối diện với những kỷ niệm dang dở và những bóng ma khôn lường. Trong khi Yuji miên man nhớ về một đêm hội hè mà anh tưởng chừng đã chiến đấu bên cạnh Shana, một bóng dáng vô hình bất chợt xuất hiện, mang theo một thông điệp lạnh lẽo: “Đứa trẻ mất tích lúc nửa đêm”. Lời tiên báo này như một rắc rối mới, một lời cảnh báo về một mối nguy hiểm tiềm ẩn đang ngầm rình rập. Liệu Shana và Yuji có đủ khả năng xua tan sự thù hằn và bảo vệ thành phố Misaki khỏi bóng ma bí ẩn này? Hoả nhãn của Shana 2 hứa hẹn sẽ đưa khán giả đến một thế giới đầy bí ẩn và hồi hộp, nơi đau thương và hy vọng giao thoa, nơi đấu tranh giữa thiện và ác diễn ra một cách kh ép!
