Hồ Sơ Tuyệt Mật tiếp tục đẩy Scully vào những con đường chết cùng với cuộc truy tìm con trai William. Phần 9 mở màn đầy hồi hộp với gương mặt Mulder tái hiện, nhưng không phải là một sự trở lại vui mừng. Anh ta đã biến mất, lựa chọn tự mình ẩn mình, để lại Scully với nỗi sợ William sẽ gặp nguy hiểm. Đặc vụ Doggett tiếp tục nỗ lực tìm kiếm Mulder để điều tra vụ việc chống lại Phó Giám đốc Kersh, nhưng Scully và Skinner thuyết phục anh ta tạm gác vụ án. Scully cố gắng giúp Doggett và Đặc vụ Reyes trong một số vụ án, nhưng bóng tối bao quanh William ngày càng dày đặc. Khi phát hiện một giáo phái muốn hại con trai, Scully cầu cứu Lone Gunmen, nhưng William vẫn bị bắt cóc, đẩy Scully đến vực thẳm tuyệt vọng. Cứ lúc cô ấy tưởng như mọi thứ đã kết thúc, tin vui bất ngờ lóe lên: Mulder đã được tìm thấy, nhưng đang bị giam giữ trong một quân đội vì tội giết một kẻ bất tử. Việc Mulder bị giam giữ càng nâng cao thấp treo tâm trạng của Scully, liệu anh có thể thoát ra và giúp giải cứu William hay không? “Hồ Sơ Tuyệt Mật” phần 9 hứa hẹn sẽ mang đến những màn đấu trí căng thẳng và những tình huống nguy hiểm mà người xem khó lòng đoán trước.
