Mười năm đã trôi qua kể từ trận chiến khốc liệt trong Hiệp Sĩ Sidonia, và thế giới phi hành của loài người giờ đây mang đầy dự cảm về một cuộc chiến mới. Phi hành đoàn của Sidonia, mang trong mình hy vọng định cư trên hành tinh thứ bảy của hệ sao Lem, đã kiên nhẫn cừu luyện sức mạnh và kỹ năng để đương đầu với mối đe dọa từ sinh vật Gauna. Đối thủ nguy hiểm và tàn bạo, Gauna luôn ngầm họa sẵn nạn diệt chủng cho loài người. Môi trường đẫm máu của những cuộc chiến cũng là nơi tình yêu của Nagate, một chàng trai tài năng của phi hành đoàn, dành cho cô gái xinh đẹp Tsumugi nảy nở. Tuy niềm tin và hy vọng được hé lộ, nhưng bóng ma của bí mật âm ị dần hiện diện. Trong một chàng trai, phẩm chất uyên bác và quyền năng của một nhà khoa học già bị giấu kín. Ác ý của hắn sẽ trở thành đòn tấn công ghê gớm xoay chuyển cục diện cuộc chiến, đẩy thế giới Sidonia vào bờ vực vực thẳm của hiểm nguy. Hiệp Sĩ Sidonia tiếp tục cho người xem thấy lòng dũng cảm của con người trước лицом kẻ thù mạnh mẽ, đồng thời khơi gợi những câu hỏi về sự thật đằng sau những bí mật tăm tối và những lựa chọn đầy bi kịch của con người.