“Giả kim thuật sư: Người chinh phục Shamballa” mang tới một câu chuyện pha trộn giữa yếu tố giả kim thuật huyền bí và nền khoa học hiện đại đầy kịch tính. Phim xoay quanh Edward, một gã gả kim thuật sĩ tài năng bị đẩy vào thế giới hiện thực sau một cuộc hành trình bí ẩn. Để có thể trở về thế giới cũ của mình, Edward phải nghiên cứu kỹ thuật tên lửa tiên tiến, một công nghệ hoàn toàn xa lạ với ông. Trong khi đó, anh em ruột của Edward, Alphonse, vượt qua mọi thử thách, tìm kiếm sự giúp đỡ, và hằng ngày đều hướng tới mục tiêu chế tạo tên lửa để mang Edward trở về. Dù nhóm họ đang miệt mài tập trung cho sứ mệnh vĩ đại này, nhưng âm mưu của Hiệp hội Thule – tổ chức bí ẩn được che giấu đằng sau sự phức tạp của việc chế tạo tên lửa dần hé lộ. Hiệp hội Thule có những âm mưu thâm độc, hòng lợi dụng sức mạnh của Edward và lợi dụng tên lửa chốn sự nguy hiểm của Shamballa, tôn ngưỡng những bí ẩn và sức mạnh to lớn từ thế giới cổ. Liệu Edward và Alphonse có thể vượt qua mọi khó khăn, chế tạo chiếc tên lửa và trở về Shamballa? Hay âm mưu của Hiệp hội Thule sẽ cản trở hành trình đầy hy vọng của họ?