Natsume Yuujinchou: Friend’s Book ~ Yuki & Hana ~ SP là câu chuyện mới xoay quanh cuộc sống của Natsume Takashi – cậu bé đang sống giữa thế giới con người và quái vật. Trong chuyến đi trở lại quê hương, Natsume bất ngờ gặp lại người bạn học cũ Yuki, gợi lại những ký ức đau đớn về những quái vật mà cậu từng phải đương đầu. Lúc này, Natsume đã gặp được nữ quái vật Tsumura, xuất hiện trong kí ức của một linh hồn quái vật đã được trả lại tên. Anh ta biết được Reiko, người đã truyền cho Natsume cuốn sách ghi tên linh hồn quái vật, hiện đang sống yên bình cùng đứa con trai duy nhất của mình, Mukuo. Cuộc gặp gỡ với họ đã giúp Natsume bình tĩnh lại và tìm thấy sự an ủi. Tuy nhiên, thị trấn nơi hai mẹ con của Reiko đang sinh sống dường như bộc lộ những bí ẩn đầy những con quái vật bí ẩn. Trên đường trở về sau khi điều tra vụ việc, “hạt giống quỷ” ký sinh trên cơ thể cậu Kitty bỗng mọc thành cây và đơm hoa kết trái sau một đêm đầy kỳ dị. Điều bất thường đến hơn là cậu Kitty lại nghiện ăn quả na giống mình và tự chẻ bẻ chúng làm ba. Rắc rối bất ngờ dấy lên tại gia đình Fujiwara khi những quả na kỳ lạ này chìm trong oan nghiệt và bí ẩn.