Evangelion: 3.0+1.01 Thrice Upon a Time, câu kết cho câu chuyện kinh điển Neon Genesis Evangelion, kết thúc chuỗi những nỗi đau và thách thức của một thế giới bị đe dọa bởi những sinh vật quái dị. Phim tiếp tục câu chuyện sau sự kiện của Evangelion 3.0 You Can (Not) Redo, nơi Shinji Ikari, thiếu niên phi hành gia đã say đắm bước vào cuộc đời, gặp gỡ những nỗi sợ hãi tột cùng và đóng góp để cứu thế giới. Theo dòng chảy của câu chuyện, Shinji tìm thấy một lẽ sống mới, một sự hồi sinh kỳ diệu. Trái ngược với cái chết như tiếng chuông báo động, cái “nữa” của Shinji mang lại một viễn cảnh kỳ lạ. Anh ta trôi dạt đến một thế giới khác hẳn, nơi anh được dạy dỗ về ý nghĩa của hy vọng, của tình yêu, của đấu tranh với bóng tối bên trong bản thân. Những bài học quý giá này sẽ trở thành nguồn động lực, kiến tạo nền móng cho hành trình cuối cùng của Shinji. Dự án công cụ, được kiến tạo bởi những nỗ lực phi thường của loài người giờ đây hoạt động một cách đầy uy lực, Đây không chỉ là một công cụ chiến đấu, mà còn là biểu tượng của hy vọng, sự kết hợp tuyệt vời giữa công nghệ và tình người. Cùng với người bạn đồng hành trung thành của mình, Shinji phải gồng mình trong một trận chiến cuối cùng, một cuộc đấu tay không với cái ác để ngăn chặn tác động cuối cùng. Hoài nghi, kinh dị, cuộc phiêu lưu này là sự kết hợp hoàn hảo mang đến cho người xem những cung bậc cảm xúc thăng hoa, những tình huống gay cấn và câu hỏi triết lý về cuộc sống.